Posterior a la muerte del Libertador, Manuelita vivió varios meses en Guaduas (Colombia), luego se trasladó a Bogotá. El 1 de enero de 1834, el Presidente Santander ordenó sacarla del país por presuntas actividades conspirativas. El operativo fue llevado a cabo por un alcalde, un alguacil, diez soldados y ocho presidiarios; veinte hombres para someter a Manuelita y sus dos criadas; las apresaron y las llevaron a Cartagena, un barco las condujo a Jamaica, donde Manuelita pasó más de un año. En septiembre de 1835 se embarcó hacia Guayaquil y tomó el camino hacia Quito, siendo interrumpida por un funcionario gubernamental quien tenía instrucciones de hacerla regresar a Guayaquil para que el gobernador de la provincia la sacara del país. En aquel tiempo, se desempeñaba como Presidente de Ecuador Vicente Rocafuerte, quien alegaba que Manuelita podía subvertir el orden interno y el 21-10-1835 expresó:
“Las mujeres son las que más fomentan el espíritu de anarquía; por este convencimiento hice salir a Manuela Sáenz del territorio de Ecuador” .
Luego en carta del 10-11-1835 dirigida al Presidente colombiano Santander le dijo:
“La Manuela Sáenz venía aquí con intenciones de vengar la muerte de su hermano, y con ese pretexto hacerse declarar la Libertadora del Ecuador. Como es una verdadera loca, la he hecho salir de nuestro territorio para no pasar por el dolor de hacerla fusilar”.
El general José María Sáenz, hermano de Manuelita había sido ascendido a General de Brigada en fecha 6-10-1829 por el Libertador Simón Bolívar, se desempeñó como Prefecto del Departamento de Quito y fue asesinado el 21 de abril de 1834 en la batalla de Pesillo.
El gobernador de Guayaquil señaló a Manuelita que se dirigiera al puerto más cercano, llegó al pueblo costeño de Paita al norte de Perú. Así La Libertadora del Libertador, fue desterrada de su patria. Le acompañaban sus fieles criadas Nathán y Jonatás. Transcurridos dos años, le llegó una carta del General Juan José Flores notificándole que el Congreso de Ecuador había autorizado el retorno a su país, a lo cual Manuelita se negó.
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Permaneció en Paita manteniéndose con su trabajo de elaboración de dulces y pastas, tejidos de encajes y bordados. En su modesta casa de Paita recibió la visita de Simón Rodríguez, Hermann Merville y de Giuseppe Garibaldi entre otros personajes importantes.
El 23-11-1856 la sorprendió la muerte durante una epidemia de difteria; fue enterrada en fosa común.
Siempre en el corazón mantuvo su amor por Simón Bolívar, a quien quiso representar en nombre de los hijos de la gente de Paita; en la oportunidad que le pedían ser Madrina de Bautismo; exigía que los niños se llamaran Simón y las niñas Simona.
