Fue, sin embargo, la astucia y tenacidad mostrada por Gómez en la campaña contra la terca Revolución Libertadora (1901-1903) lo que motivó que Castro lo «predestinara» a ser el pacificador de Venezuela.
espués de un vacío legal a propósito de una reforma propuesta por Castro para prolongar su período presidencial, Gómez fue nombrado definitivamente primer vicepresidente de la República para el período 1905-1911.
En noviembre de 1908, el general Castro debió abandonar el país por razones de salud, y Gómez quedó en ejercicio de la presidencia provisional. El 19 de diciembre del mismo año, Juan Vicente Gómez, junto a sus aliados de la restauración, y bajo pretexto de un supuesto atentado que quisieran hacerle los aliados de Castro a su instancia, llevó a cabo un golpe de Estado.
El 27 de abril de 1910, el Congreso Nacional lo designó presidente constitucional para el período 1910-1914. Su permanencia en el poder se prolongó hasta 1935, dividida en tres períodos constitucionales: 1915-1921, 1922-1929 y 1931-1935.